ประเทศสมาชิก BIMSTEC ได้ตกลงทำความร่วมมือใน 14 สาขาหลัก ได้แก่

1. สาขาการค้าและการลงทุน (บังกลาเทศเป็นประเทศนำ)
2. สาขาการคมนาคมและการสื่อสาร (อินเดียเป็นประเทศนำ)
3. สาขาพลังงาน (พม่าเป็นประเทศนำ)
4. สาขาการท่องเที่ยว (อินเดียเป็นประเทศนำ)
5. สาขาเทคโนโลยี (ศรีลังกาเป็นประเทศนำ)
6. สาขาประมง (ไทยเป็นประเทศนำ)
7. สาขาเกษตร (พม่าเป็นประเทศนำ)
8. สาขาสาธารณสุข (ไทยเป็นประเทศนำ)
9. สาขาการลดความยากจน (เนปาลเป็นประเทศนำ)
10. สาขาการต่อต้านการก่อการร้ายและอาชญากรรมข้ามชาติ (อินเดียเป็นประเทศนำ)
11. สาขาการจัดการสิ่งแวดล้อมและภัยพิบัติ (อินเดียเป็นประเทศนำ)
12. สาขาวัฒนธรรม (ภูฏานเป็นประเทศนำ)
13. สาขาปฏิสัมพันธ์ในระดับประชาชน (ไทยเป็นประเทศนำ)
14. สาขาการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ (บังกลาเทศเป็นประเทศนำ)

โดยในความร่วมมือในแต่ละสาขาได้แบ่งการดำเนินการออกเป็น 3 ระดับ คือ

• ความร่วมมือสาขาหลัก (Sector) ซึ่งมีประเทศนำ (Lead Country) ในแต่ละสาขาเป็นผู้รับผิดชอบ
• ความร่วมมือสาขาย่อย (Sub-Sector) ซึ่งมีประเทศประธาน (Chair Country) เป็นผู้รับผิดชอบ
• โครงการ (Project) ซึ่งมีประเทศผู้ประสานงานโครงการ (Coordinating Country) เป็นผู้รับผิดชอบ